无论公司还是个人，作为纳税人，都必须履行纳税义务，即缴纳应纳税款。在缴税之前，纳税人必须先获得电子税务激活码（EFIN）。EFIN是用于获取电子税务服务的纳税人识别号。纳税人获得EFIN后就可以在印度尼西亚税务总局（Direktorat Jenderal Pajak: DJP）在线网站上进行激活并使用在线税务服务，如报税、创建账单代码等。
缴税通过特定的文件或表格，即“纳税单（Surat Setoran Pajak: SSP）”来完成，然后纳税单将通过财政部部长指定和委派的支付地点直接交给国库。印度尼西亚税务总局通过第PER-09/PJ/2020号税务总局条例（Perdirjen），发布了关于纳税单填写格式、内容和程序的新条例，以取代之前第PER-22/PJ/2017号税务总局条例。
每张SSP只能用于：支付或存入一种税款；某一时期、某一纳税年度或某一纳税年度一部分的税款；一份税务评估函（Surat Ketetapan Pajak：SKP）；一份征税函（Surat Tagihan Pajak：STP）；一份土地和建筑物评估函；一份土地和建筑物征税函；或一项导致应缴纳税款增加的法律裁决。每次提交的SSP必须使用一个税务账户代码和一种类型的税收存款。在最新规则中，印度尼西亚税务总局更改了这些规则所附的账户代码和税种列表。做出这一更改是为了确保账户代码和税种与税收法规的发展保持一致。
随着信息技术的进步，已经由原来的使用SSP进行税收存款转为使用电子纳税单（SSE）进行税收存款。自2016年7月1日起，SSE已有效实施，印度尼西亚税务总局推出了电子账单或电子纳税单。SSE以互联网为基础，纳税人可随时随地在线缴税，更加方便快捷。纳税人计划缴税时，可以先通过DJP Online网站创建账单代码。账单代码是用于某种税收支付或存款的15位识别代码，第一位是印度尼西亚税务总局/印度尼西亚海关总署（DJBC）/DJA系统的账单代码发行机构，随后的14位是随机数。
电子账单为纳税人缴税提供了便利，并最大限度地减少了输入错误，确保了因缴税使用账单代码而呈现的数据的有效性。获得账单ID后，纳税人可通过以下方式根据税种、纳税期、纳税年度、税额进行支付：
- 银行柜员或邮局；
- 自动取款机（ATM）；
- 指定银行的网上银行；
- 指定银行的手机银行；
- 与指定银行合作的其他付款方式。
纳税人完成缴税后，将收到一份名为“国家税收证明”（Bukti Penerimaan Negara：BPN）的缴款收据。BPN是银行/邮局为国库交易出具的文件，使用国库交易编号作为另一种管理手段，相当于纳税单。BPN包含证明其法律效力的各种信息或数据。以下是BPN的关键要素，反映了纳税人的身份及所进行的税收交易类型：
- 纳税人识别号（Nomor Pokok Wajib Pajak: NPWP）；
- 国库交易编号（Nomor Transaksi Penerimaan Negara: NTPN）；
- 银行交易编号（Nomor Transaksi Bank：BTN）或邮局交易编号（Nomor Transaksi Pos：PTN）；
- 账单代码；
- 纳税人姓名；
- 纳税人地址。ATM和税务数据及文档处理中心（EDC）出具的国家税收证明不包括纳税人地址；
- 财产税征收对象编号（Nomor Objek Pajak：NOP）。如果缴纳的税款涉及土地和/或建筑物权利转让交易、自建活动以及种植园、林业和采矿业的土地和建筑物税，则BPN中将包含征税对象编号。但是，通过ATM或EDC出具的国家税收证明不会显示财产税征收对象编号；
- 税务账户代码；
- 存款类型代码；
- 纳税期；
- 纳税年度；
- 评税号（如适用）；
- 付款日期；
- 已支付金额。
如果付款凭证上未印刷NTPN或NTPN不清晰，纳税人可通过DJP Online页面“确认”菜单下的“NTPN确认”来检查NTPN。纳税人可以输入账单代码和安全代码。DJP Online系统将显示支付数据，并验证账单是否已支付和验证。现在，纳税人在缴税时可以使用真实代码创建账单和付款凭证，从而最大限度减少税款支付中的错误和伪造。
